Třísemestrální navazující magisterský studijní program Stavební inženýrství v oboru Vodní hospodářství a vodní stavby navazuje na čtyřleté bakalářské studium obdobného technického zaměření. V průběhu studia si student osvojuje nejnovější vědecké i technické poznatky v komplexu jejich vzájemných souvislostí. Předměty tohoto programu jsou orientovány na problematiku navrhování, řízení a organizaci výstavby vodohospodářských staveb a objektů, provozování vodohospodářských staveb a systémů. Zahrnují i požadavky na ochranu a tvorbu životního prostředí včetně znalosti národní a Evropské legislativy v tomto oboru. Získané znalosti v jednotlivých předmětech jsou aplikovány v problematice daného zaměření studia. Důraz během studia je kladen na samostatnou tvůrčí inženýrskou práci. Absolvent získá potřebné vědomosti, které je schopen v závěru studia samostatně uplatnit při zpracování své diplomové práce, potvrzující jeho připravenost komplexně vyřešit technický problém v praxi. Po absolutoriu je schopen samostatně řešit i náročné odborné problémy a je tak připraven na svoje inženýrské působení v praxi.

Absolvent studijního oboru Vodní hospodářství a vodní stavby má vysoce specializované (teoretické I odborné) znalosti ve studovaném oboru a zaměření. Získané znalosti je schopen aplikovat při řešení problematiky daného studijního oboru. Je schopen v rámci získaných dovedností samostatně řešit i náročné odborné problémy (samostatné řešení složitých stavebně-technických a manažerských problémů ve stavebnictví) z oblasti vodního hospodářství a vodních staveb a je tedy připraven na svoje inženýrské působení v praxi. Je schopen realizovat komplexní řešení inženýrského problému. Jako vysoce kvalifikovaný odborník je schopen zastávat a úspěšně se uplatnit ve vysokých inženýrských i manažerských funkcích, je vybaven předpoklady k řešení i složitých technických problémů, a to nejen při komplexním vodohospodářských staveb a objektů, ale i při jejich přípravě a realizaci. V rámci kompetencí (po splnění předepsané praxe) může absolvent studijního oboru Vodní hospodářství a vodní stavby získat autorizaci udělovanou Českou komorou autorizovaných inženýrů a techniků činných ve výstavbě. Je schopen řídit složité technické nebo odborné činnosti či projekty a nést odpovědnost za jejich kvalitu. Je také schopen nést odpovědnost za odborné řízení jednotlivců a skupin.